В конце XIX века Роберт Кох разработал методы выделения возбудителя сибирской язвы, что дало начало культуральному методу исследования бактерий, ставшему “золотым стандартом” для идентификации микроорганизмов на те долгие годы.
Однако, “золотым стандартом” изучения микробов на сегодняшний день являются молекулярно-генетические методы, в частности – секвенирование 16S-cубъединицы РНК бактерий.
Достижения в технологиях секвенирования генетического материала создали новую область исследований, называемую метагеномикой, которая позволила проводить всестороннюю экспертизу микробных сообществ без необходимости культивирования.
Вместо того, чтобы исследовать геном отдельного бактериального штамма, выращенного в лаборатории, метагеномный подход исследует коллекцию геномов, полученных из микробных сообществ, отобранных из естественной среды.
Изображение: состав микробиоты человека на уровнях типа и семейства (по данным Human Microbiome Project).