Концепция трансплантации фекальной микробиоты была широко введена в ветеринарную практику еще в XVII веке итальянским анатомом Фабрицием Аквапенденте (Fabrici d’Acquapendente).

Однако, первое применение данного метода в клинической практике описано около 1700 лет назад.

Опыт первой микробной трансплантации был документирован в IV веке при дворе династии Донг-Цзинь (Dong-jin) китайским целителем Гэ Хуном (Gě Hóng). В своих работах он впервые описал клинически успешную трансплантацию фекальной микробиоты пациентам с симптомами пищевого отравления и тяжелой диареей. Ввиду высокой смертности от инфекционных заболеваний того времени, эффективное лечение таких больных считалось медицинским чудом.

Сегодня трансплантация микробиоты является одним из методов выбора консервативной терапии у пациентов с рефрактерной к антибиотикам инфекцией C.difficile.